Горни Воден отдавна е известен на научната литература от многобройните археологически паметници, които са откривани както в самото населено място, така и в близките му околности.
Заселването на тази местност от праисторическата епоха се дължи на благоприятните географски условия: умерен климат, планина с вековни гори, плодоносна равнина и обилни води. Тези условия не са били пренебрегнати и по-късно, когато по тези земи се настаняват траките. Първите следи от тях са някъде от V в пр. Христа. При обработването на съседните ридове, северно от Горни Воден, селяните са попаднали на глинени кюпове, фрагменти от съдове, архитектурни паметници и др. Най-старите находки, по които се определят началните граници на селището, са монетите. Край параклисите "Св. Спас" и "Св. Трапеза" са открити мраморни колони с гръцки и латински надписи (вижте тук), части от тракийска колесница. Около селището се намират надгробни могили. Всички тези паметници говорят за съществуването на значително антично селище, основано около V в. пр. Христа, а загинало към IV-V в. след Христа.
В близост до античното селище се намирало светилище. Неговите следи са край манастира "Св. Кирик и Юлита". Те са намерени в началото на на миналия век оброчни плочки, посветени на най-разпространеното божество сред траките - Тракийски конник.
Археологическите проучвания в Горни Воден и около него до сега не са извършвани. Всички сведения, с които се разполага, се дължат на случайни открития.
Данни за историята на селото от следримската епоха и периода на Първата българска държава не са ни известни. Историческите извори също мълчат за този период.
Едва в XI век срещаме името Воден в Устава на Бачковския манастир. В 1083 година, когато се завършва строежа на манастира, неговият основател, военачалникът на Западните европейски войски на Византия, грузинецът Григорий Бакуриани дарява манастира със села, ниви, крепости и др. Между тях е и крепостта Воден. Дали тази крепост е построена от Бакуриани, или е съществувала по-рано, все още не е известно.
В началото на 60-те години на XX век, археологът от Пловдивския археологически музей Димитър Цончев проучва района на Асеновград, за да търси строежи на Бакуриани. В статията си "Строежи на Григорий Бакуриани в Асеновград и околностите му", той отбелязва, че е открил местонахождението на крепостта Воден. Тя се намира на 300 м. югоизточно от кв. Горни Воден, на височината "Св. Димитър", по името на новопостроен параклис, в последствие разрушен, сега възстановен. Д. Цончев прави един малък сондаж в югоизточния край на височината. Той открива напречен зид с дължина 5 метра, изграден от ломен камък и слабочервен хоросан. Предполага се, че това е крепостна кула. Прави оглед на цялата височина и установява, че все още личат основите на крепостните зидове. За съжаление по-едрите камъни са взети за строеж от селяните. Останали са дребни, струпани на грамади камъни, между които се срещат фрагменти от средновековна керамика. Наблюденията, които той извършва на тази височина, му дават основание да я отъждестви с крепостта Воден, за която споменава Григорий Бакуриани.
Крепостта има трапецовидна форма и заема около 10 дка. От всички страни е оградена с крепостна стена. На застрашените от нападение места има крепостни кули. В подножието и вероятно е било разположено средновековното селище. При опасност жителите му са се криели в нея.
Предполага се че, крепостта е строена и е съществувала в периода от XI-XII в. Има данни, които може би ще изменят това местоположение, като началната дата на построяването и бъде няколко века по-рано.
През 1976 година Градският исторически музей в Асеновград започва археологически разкопки в местността "Св. Димитър". Целта на проучванията е да се установи точно първоначалната дата на застрояване, видовете крепостни съоръжения, начин на строеж и др. Най-главната задача, която е поставена, проучванията да покажат каква е възрастта на Воденската крепост с крепостната система в северните склонове на Средните Родопи, влизала ли е в крепостния обръч наред с Асеновград, Перущица, Кричим, Цепина.
(снимка - Крепост Воден при проучванията от 2012 г)
